崇基學院神學院為香港歷史源流最久遠的神學院，歷史源流可追溯至1864年，長老會在廣州花地設立之神學訓練學校，該校於1914年即與聖公會及循道公會之神學訓練學校合併為廣州協和神學院，於戰時曾先後與華中大學及嶺南大學合作。戰後聖公會、衛理公會與道風山基督教叢林共同創立香港協和神學院，而中華基督教會與循道公會則加入新加坡之三一神學院。
新亞書院
新亞書院早期在中華民國總統蔣中正從總統府辦公費中特殊撥款及美國耶魯大學雅禮協會（英語：Yale-China Association）等機構的資助下營運，前身為亞洲文商學院，由國學大師，後獲選為中華民國中央研究院院士的錢穆、當代新儒家代表人物國立中央大學哲學系系主任唐君毅、中華民國國民政府教育部農業教育委員會專任委員張丕介、中華民國立法院第一屆立法委員崔書琴等人於1949年成立。後於1950年3月改組並易名為新亞書院，錢穆擔任書院院長。
書院初創時期經費不足，院長曾親赴臺灣求助時任中華民國總統蔣中正。蔣總統於1950年命中國國民黨中央改造委員會委員雷震赴港調研，雷後報告「港澳有大學數所，在教育立場上是反共的，在經費方面是堅苦撐持，如錢穆等來港創辦之新亞學院」。中改會於同年12月11日舉行會議，決議「支持錢穆在港創辦之新亞學院，請由教育部予以協助」。而後，蔣總統允諾從總統府辦公費項下每月撥款港幣三千元支持新亞書院辦學，資助至1954年新亞書院獲美國雅禮協會撥款後停止。。資助書院的除美國雅禮協會外，還有美國亞洲協會、美國哈佛燕京學社、洛克斐勒基金會、英國文化協會及香港孟氏教育基金會等
