新亞書院獲多名當代大儒雲集教學，每人都足以成為一代宗師，包括中華民國國軍少將、臺灣東海大學教授徐復觀；中華民國憲法之父張君勱；中華民國政府教育部學術審議委員、臺灣學術泰斗牟宗三（傳承弟子，臺灣東海大學首屆榮譽教授蔡仁厚也為新儒家重要人物）；中華民國政府教育部次長杜威的門生吳俊升；中華民國中央銀行人事處副處長、著名詩人和書法家曾克端；歷史學家、中華民國政府行政院農林部部長、中華民國總統府國策顧問左舜生；甲骨文專家、中華民國中央研究院歷史語言研究所前所長董作賓；國學家饒宗頤；小說作家白先勇等人的啟蒙老師國立臺灣大學外文系教授夏濟安；中華民國廣東省政府委員、諾貝爾文學獎委員會的推薦人羅香林；中華民國時期中央銀行、中國銀行、交通銀行、農民銀行四家銀行的聯合總管理處處長楊汝梅；港督顧問趙冰大律師；香港大學中文系系主任兼文學院院長林仰山（Frederick Seguier Drake）教授；佛學大家羅時憲。其他新亞書院的教授還包括霍韜晦、李天命[43][44]。
其中唐君毅、牟宗三和勞思光被喻為「香港人文三老」，俱為香港中文大學教授。
新亞書院為當代新儒家的重鎮。新儒學八大家中多數是新亞書院教授或香港中文大學的教授（如哲學系的劉述先教授）。書院以中文教學，並教授官立學校所缺乏的中國文化課程，並因而獲視為中國儒學的復興基地，以及宋代書院文化的延續。
錢、唐、張諸位先生以復興中國文化為己任，一生反共，奉中華民國為正朔。1949年，把新亞書院的校慶定於10月10日中華民國國慶之日，並在新亞書院高掛中華民國國旗，即青天白日滿地紅旗，香港政府教育司署於1960年禁止新亞書院於中華民國國慶兼校慶期間高掛中華民國國旗，是為著名的「國旗事件」。錢穆為了此事，特地提早一個月回校斡旋。新亞書院另一創辦人唐君毅於事件過後兩個月發言表示「我力主對懸旗事不能讓步（9月29日）；下午校務會議，議決國旗事暫忍痛遵港府命令停掛，另組小組會計劃來年不受港府津貼辦法（10月8日）；明日為國慶日，對新亞而言則為校恥日也（10月9日）」。翌年，新亞書院便將校慶由10月10日改成9月28日孔子誕辰日。
雖然校慶更改，但新亞仍堅持於中華民國國慶日升旗，早在新亞獲香港政府承認資格的初期，時任教育司高詩雅已不斷向新亞施壓，要求取消每年雙十升旗。及至中大成立後，壓力俱增，錢穆被迫妥協。錢穆於此事後逐漸淡出，離港赴臺，但安排了臺灣背景的吳俊升博士赴港任接班人，因吳俊升曾任中華民國行政院教育部次長和親中華民國背景，香港教育司對此極為反對。新亞在面對日益加強的壓力，升旗禮終於1969年10月10日由張丕介主持最後一次後停止
