獨立書院時期
崇基學院
於1949年以前，中華民國政府時期大陸有十三家基督教高等教育大學學府。這些大學都是中華民國時期極為著名的高校，包括「東方哈佛」之譽的上海聖約翰大學（校友包括多位中國元首、總理如中華民國北洋政府大總統顧維鈞、中華民國總統嚴家淦、中華民國行政院長宋子文以及中華人民共和國副主席榮毅仁），民國教會大學之首燕京大學，民國最著名的女子大學金陵女子大學，法律執民國牛耳的金庸母校東吳大學，南方第一名校的廣州嶺南大學（其醫學院博濟醫學堂（Pok Tsai Medical School）成立於1866年，為中國第一所西醫學院；校友包括於1886年秋入該校學醫的中華民國臨時大總統孫中山）[註 3]，產生諸多優秀校友（例如國學大師南懷瑾）、諾貝爾文學獎得主賽珍珠執教的金陵大學。其中最早的成員之江大學成立於1845年。
該十三家基督教高等教育大學設有聯合董事會。大陸易幟後，十三所大學聯合董事會原想堅持留在共產政權下的中國內地，繼續基督教高等教育的角色，有所見證。惟很快看到大陸的政治形勢非常不樂觀，聯合董事會和香港教會領袖於是決定在香港合併十三家基督教高等教育大學為一所基督教大學。
最終於1951年聯合董事會在上海聖約翰大學校董會主席歐偉國、廣州嶺南大學校長李應林和香港教會團體帶領下合並了民國政府時期大陸十三家基督教大學為香港崇基學院。[30][31][32][33]崇基的教堂聖壇兩旁至今仍保留中華民國政府時期（1951年前）十三間基督教大學的原木刻校徽。崇基學院校牧室自2003年開始舉辦中國基督教教會大學尋根之旅；並於2018年首次納入為書院通識教育課程。
崇基學院於馬料水的校址，也是現今中大沙田校園的最初基礎。
