在斯特拉坎的管理下，國王學院是一座與英國聖公會以及當時的當時的殖民社會上層精英聯繫密切的宗教學院。改革派政客反對教會對殖民地學術機構的掌控，而為大學的世俗化進行了激烈的爭鬥1849年，新一屆上加拿大責任政府在一場冗長而激烈的辯論後，投票決定將國王學院改名為多倫多大學，並切斷了學校與教會的聯繫。斯特拉坎早就預見到了這項決定，而在一年前就辭去了校長的職位，並建立了三一學院，一座隸屬於英國國教的私立神學院。大學書院便是在這時作為多倫多大學非宗派的教學分支而建立的。美國南北戰爭期間，出於北方封鎖政策對英屬北美產生的可能威脅，大學步槍兵團成立了——他們最終在1866年參與了尼亞加拉邊境上抵禦芬尼亞突襲的戰鬥
1878年建立的「實踐科學學院」是後來應用科學與工程學部的前身 - 它從建立伊始就被給予了Skule這一暱稱，並沿用至今。儘管醫學院在1843年成立，醫學教學自1853年起都由專科學校進行，直到1887年大學的醫學院兼併了多倫多藥學院。在那期間，大學依然擔負起舉辦相關考試和授予醫學學位的職責。 法學院和牙科學院也先後於1887年和1888年成立；後者將安大略省王家牙科外科學院作為其附屬。大學自1884年開始招收女性學生
