1991年9月，根據《第50/91/M號法令》，澳葡政府將東亞大學更名澳門大學，並在次年二月頒佈《第25/92/M號訓令》（《澳門大學章程》），並以培養澳門人才為目標。大學重組後，學生人數急劇上升。截至澳門回歸前夕，學生人數增至約三千人，而澳門本地學生的比重亦由創校時的39%增至80%。原屬東亞大學的理工學院則獨立為公立的澳門理工學院，而東亞大學的研究院和公開學院則合併為東亞公開學院（今澳門城市大學），以私營模式運作。1995年，首屆碩士生畢業，同年中國銀行澳門分行開始發行1995年版澳門幣，其中50元紙幣的正面圖案為澳門大學遠景。1997年，大學首位博士生畢業，葡萄牙共和國總統沈拜奧於同年到訪澳門大學。
1999年澳門回歸後進一步優化校園，並推動設置一系列新課程、調低學費及提供獎學金和財政支援。2002年，大學成立修章工作小組，啟動對大學章程的修訂工作，實現大學步向現代化和國際化，並於2006年通過新大學章程。修章帶來的學術自由和行政彈性加速了大學日後發展步伐。2006年也是澳門大學建校25週年校慶，澳門郵政特於9月28日發行了紀念郵票，小型張的圖案為行政樓和澳門總督韋奇立贈予澳大的畢業生銅像。2007年2月，葡萄牙總理若瑟·蘇格拉底到訪澳門大學
