香港科技大學於1991年根據香港法例第1141章《香港科技大學條例》（The Hong Kong University of Science and Technology Ordinance）成立，為大學教育資助委員會資助大學之一與香港其他公立大學一樣，回歸前的香港總督和回歸後的行政長官為大學之必然校監。
香港科技大學的三大管治機構分別為校董會、教務委員會和仲裁委員會。
- 校董會（Council）：是香港科技大學的最高行政機關，負責履行《香港科技大學條例》所規定的大學權利及職責。其由27名成員組成，成員分別為大學行政人員、校友會主席、被選之教職員、一名全日制學生，及17名非大學人員。
- 教務委員會（Senate）：是香港科技大學的最高學術機關，負責制定及審視學校的教學政策。此會主要由教職員組成，但亦包括學生會主席、被選之本科生代表及研究生代表。根據《香港科技大學條例》，大學設有教務委員會，教務委員會是大學的最高教務機構，它須視乎校董會是否有提供撥款而——
- （a）策劃、發展與檢討學術課程；
- （b）指示與規管大學內進行的教學和研究工作；
- （c）規管各認可課程取錄學生及該等學生上課的事宜；及
- （d）規管大學的學位及其他學術名銜的考試。
- 仲裁委員會（Court）：是香港科技大學的最高訟裁機關，負責傳達學校的意願及籌款
