早期歷史
於12世紀晚期，劍橋已經是一個興盛的商業聚落，由於鄰近的伊利為主教教堂所在地，也有許多教士與宗教會所在劍橋地區。於1209年，有一群來自牛津大學的學者為了躲避牛津市民針對學者的衝突而移居至劍橋。最初他們僅居住在臨時住所，但隨着發展，鎮上的房舍逐漸被開發為主管 (後稱學院院長: Master) 、學者與學生的居所。於1226年，在劍橋的學者數目似乎已經足夠發展成一個成熟的組織機構: 有一個行政長官 (後稱校監: Chancellor)，有學者授課，並擁有制定好的固定課程。在早期校方與劍橋居民偶有摩擦，原因是年輕的學生 (一般年紀在14-15歲左右) 容易引起騷亂，而居民也時常超收這些學者與學生的住宿或飲食費用。因此於1231年，國王亨利三世頒發飭令將這個機構的成員納入保護免受當地地主的剝削，准許這個機構擁有相當程度的自治，以及免除部分稅賦 (而牛津大學遲於1248年才擁有類似的地位) 。他同時也要求教學方式必須一致: 只有那些註冊在被認可的主管 (Master)之下的成員才能留在劍橋。
教宗額我略九世在1233年頒發的教宗詔書中，進一步允許劍橋畢業生能在基督教世界的任何地區授課。隨後教宗尼古拉四世於1290年的一封信中將劍橋稱為擁有"studium generale" (拉丁文，意指一般研究所) 地位的機構"，若望二十二世也於1318年承認劍橋這個地位，因此來自歐洲其它地區的大學學者開始來劍橋交流、學習或授課，並逐漸發展至現今的規模。
學院的建立
劍橋大學的成員學院都是在大學本部成立後才出現。於1284年建立的彼得學院是第一所劍橋大學的學院，許多的老學院都是在14及15世紀陸續成立。但當悉尼·薩塞克斯學院於1596年成立之後出現一段長期的空窗期，直至204年後，唐寧學院才於1800年成立。羅賓遜學院為最晚建立的學院，於1970年代末才完工。哈默頓學院雖然起源於18世紀，但一直僅為大學的「合法建築物」，遲至2010年才獲頒皇家特許狀晉升至學院的地位。
學院的教育重點曾發生過變化。很多在中世紀成立的學院都與禮拜堂及隱修院等宗教機構有聯繫，經費的捐款者大多都希望受惠的學生能為自己祈禱及祝福，故學院對學生的教導也多圍繞宗教議題。後來，國王亨利八世於1536年下令打壓修道院，學院也被要求解僱其研究天主教教規的教授們並停止教授經院哲學，從此劍橋大學的教學和研究重點從宗教和神學轉為希臘與拉丁經典、聖經以及數學。
隨着與教規教育的疏遠，大學的教學重點也逐漸遠離天主教思想。慢慢，一些基督新教提倡者在大學裏開始散播自己的思想，大約一個世紀過後，劍橋成為新教分裂活動的中心地
