提升期（1996~2005）
- 1996年，土木工程學系新增博士班；航空工程系更名為航空太空工程學系，並設立研究所碩士班
- 1997年，蘭陽校區籌備委員會成立；設立二年制營建工程技術系、建築工程技術系、應用日語學系、進修學士班電機工程學系、資訊工程學系、會計學系、公共行政學系
- 1998年，設立資訊傳播學系、財務金融學系金融研究所博士班、歷史學系研究所碩士班；學術性期刊《淡江外語論叢》發行
- 1999年，設立機械工程學系博士班、中國文學系博士班、公共政策研究所碩士班；交通管理學系更名為運輸管理學系
- 2000年，教育學院成立；教育資料科學學系更名為資訊與圖書館學系
- 2002年，設立法國語文學系碩士班
- 2003年，設立漢語文化暨文獻資源研究所碩士班
- 2004年，土木工程學系分為「工程設施組」與「營建企業組」兩組招生
- 2005年，土木工程學系通過IEET第一週期工程認證；設立西藏研究中心；蘭陽校區開始招生
