歷年新生註冊率
- 110學年度新生註冊率76.72%。
教育部高教司長朱俊彰：「資訊公開角度上，家長跟學生在選擇大學科系志願時，可參考註冊率，但還要綜合研究其他數據，公開平台上也有各校的教師數據、論文研究量能、輔系及雙主修數量、出國交流人次等，應從多方判斷教學品質，而非僅看註冊率。
相關爭議
校名爭議
曾名「台南科技大學」，因為校名與「南臺科技大學」過於相似，易使公眾混淆，再加上南臺科大也曾申請相同校名，不料遭到教育部以「地名應予公立學校使用」為理由駁回，但是卻允許「台南女子技術學院」更名，有違公平原則。
南臺科大以上述理由向教育部提出訴願成功，台南科大不服轉而向臺北高等行政法院提起訴訟。然而，法院認為兩校校名確實過於相似，向教育部申請更名也違反公平原則，判決台南科大敗訴，仍得上訴。法院公佈判決結果後，台南科大學生會發起捍衛校名暨連署活動，多名男學生甚至裸露上身，無奈最終仍是勉強接受改名。
音樂會爭議
2021年04月14日，南應大音樂系、台東大學音樂系、台南神學院在台南文化中心聯合演出，南應大合唱團的學生在Dcard發文表示，系主任不曾參與排練和綵排，也不知道她會演出，發文的學生更指出系主任對嘴合唱。然而，校方對此澄清該系主任原本就安排演出名單中，演出中也絕無對嘴，校方也強調該音樂會規定不得錄影拍照，將對爆料人涉及的法律問題追溯法律責任。 2021年11月23日，補充說明：該事件，在校內經由系主任、行政主管與學生正式開會溝通；師生雙方已取得諒解，並未進入法律程序
