歷史
清華學堂時期
清華源於辛丑條約約定的庚子賠款。1904至1905年（清光緒三十年至三十一年），美國國務卿海約翰認為賠款已超過美國應得到的部分，索要過多，並告訴大清駐美公使梁誠。梁誠得知美國庚款索賠過多後，幾番據理力爭要求美國退減免。美國總統羅斯福決定返還賠款基數定為一千餘萬美元，逐年退還。賠款用於人才培養和赴美留學[28][29]。1909年（清宣統元年），美國開始退還庚款。為統籌考核留學生，外務部與學部上奏設立「遊美學務處」並附設「肄業館」。7月17日（六月初一）遊美學務處正式建立[註 1]，後任命外務部署左丞、左參上行走周自齊擔任總辦，學部員外郎范源濂和外務部候補主事唐國安，駐美公使館參贊容揆任駐美學生監督，三年間共組織三批近200人赴美留學
外務部選定清華園後，修繕工字廳、建造校門、一院、二院、三院、同方部、北院、校醫院，1911年竣工，校園佔地450畝年2月，肄業館改稱「清華學堂」，由軍機大臣那桐題寫校齊兼任監督，會辦范源濂武昌起義爆發，清政府挪用退還賠款彌補軍費，學堂經費斷絕，原定正式開學儀式取消，11月9日正式停
清華學校時期
1912年中華民國建立後裁撤遊美學務處，學堂改名為清華學校，分中等科四年、高等科四年共計八年學制。唐國安為第一任校長，周詒春為教務長，在校生約500人，教員30餘人，以「培植全材，增進國力」為宗旨培養「領袖人才年春近春園、長春園、部分水磨村併入清華大學。1914年10月，美國建築師墨菲與小丹納（Dana）為學校規劃校園，佈置留美預備學校和綜合大學。1916年至1920年，建成圖書館、體育館、科學館、大禮堂等早期建築[28]。此期間，經費充足、園林優美，學習環境十分理想。學校強調體育鍛煉和強健體魄，設立體操課，午後「強迫運動」，開辦童子軍訓練和軍事訓練（兵操）；參加菲律賓第一屆遠東運動會；清華、協和、匯文合辦的「三角運動會」為北京最早校際大賽人學者也前來演講，1914年11月5日，梁啓超先生以「君子」為題發表演講，引述易經中「天行健，君子以自強不息」及「地勢坤，君子以厚德載物」，對清華學子給予厚望。後「自強不息、厚德載物」被定為
1913年3月初，唐國安校長病逝，周詒春繼任，任內勤勉，增加設備建築，擴充留美名額，於1918年1月辭職。此後直到1931年校長更迭頻繁，史稱「清華校長更迭風波」。早期先後有范源濂（美國駐華公使反對）、趙國材（代理）、張煜全、羅忠詒（學生拒絕）、嚴鶴齡（代理）、金邦正、曹雲祥（代理）被任命校長。1924年5月，曹雲祥成為正式校長，在任6年中，清華學術得到空前發展，1925年春成立國學研究院，聘請梁啓超、王國維、陳寅恪、趙元任等導師。從派遣留學逐步轉為培養本國人才，在1925年5月成立大學部，始創四年制學士教育，開始招收大學一年級生，稱為新制生，而留美預備部學生為舊制清華學校由留美預備部、大學部、國學研究院三個部分組成，並逐步向綜合性大學過渡。至1926年，大學部共成立17個學系，包含中國文學系、西洋文學系、歷史學系、經濟學系、教育心理學系、物理學系、工程學系、體育學系、音樂系等，已經形成大學的初步基
1919年5月4日，五四運動爆發，城內十多所學校示威遊行。清華學生組織演講、會見公使、致電巴黎和會。9日，校內掛半旗，全體同學在體育館舉行「國1926年3月13日，舉行紀念孫中山逝世周年大會，李大釗、陳毅來校演講。3月18日，北京民眾為反日本入侵遊行請願，遭段祺瑞政府打壓，清華學生韋傑三犧牲，是為三·一八慘27年6月，國學大師王國維憂憤國事，於北京昆明湖自殺，震驚全啟超亦因病離校就醫。同月教務長張彭春遭反對勢力攻擊而辭職，校園爆發「挽張去惡」風潮，學生遊行要求改造清
北平時期
1928年，南京國民政府取代北洋政府掌控北京後，任命孫科為清華校長，孫科不就，遂改派羅家倫為校長，易名「國立清華大學」。羅家倫於校長就職演講中，提出要四化辦學（廉潔化、學術化、平民化、紀律化），並實行軍營化管理，遭學校師生拒絕[46]。任職期間，羅家倫對學校組織結構大加整改，蔣廷黻、張奚若、蕭公權、馮友蘭、張子高等幾十位著名教授年4月，羅家倫因查出清華基金帳目虧空，要求改革，與清華大學董事會發生矛盾，，清華大學師生發起解散董事會，回歸教育部管轄運動。5月，清華重歸教育部管轄；6月，清華大學董事會解散，清華基金改由中華教育文教基金會保管。成立研究院，先辦文法兩科，次辦理工農科。大學部第一屆學生亦於此年畢30年5月，中原大戰爆發，北平落入閻錫山之手，校內親閻錫山勢力醞釀「倒羅運動」，再加上羅家倫長期與學校師生意見不合20日請辭離去。後閻錫山指派與其同為山西人的清華校友喬萬選為清華校長，但是遭到清華師生以反對軍閥力量把持校政為由，拒絕喬萬選。6月25日，喬萬選企圖以武力接城[45]，斷絕學校資金並暗示武力解決，引起全校師生不滿，學生護校委員會和教授會迫使教育部將其撤職
1931年10月14日，梅貽琦被任命為校長，12月3日，在校長就職典禮上提出「所謂大學者，非謂有大樓之謂也，有大師之謂也」的理念，此理念對清華有着深遠的影華校長長達17年，為清華最久任的校長，且對學校建設貢獻巨大，確定了清華著名學府地位，被稱為清華永遠的校時期，梅校長大力延聘名師，讓此時的清華園名師雲集，如文學院的馮友蘭、朱自清、聞一多、陳寅恪、吳宓、金岳霖等；理學院的葉企孫、吳有訓、周培源、陳省身等；法學院有陳岱孫，這些學術大師在清華創造出許多研究成果，如機械系教授王士倬建造了中國第一座航空風洞。在治校理念上，確立了「民主治校原則」，也稱為「教授治校」，清華的教授會、評議會、校務會以及各種專門委員會，多由教授擔任，讓教授能積極參與學校事
1935年秋天，在日軍危及華北之時，校內成立學生自治會救國委員會，學生蔣南翔草擬《告全國民眾書》，喊出：「華北之大，已經安放不得一張平靜的書桌了月9日，一二·九運動爆發，清華大批學生參加了該運動，高呼「打倒日本帝國主義」、「停止內戰、一致抗日」等口號年，因日軍侵華，學校於長沙獄麓山興建校舍，並將學校珍貴圖書器材南遷，同時決定籌辦特種研究所。2月19日，參予學生運動的救國會與學校教授會為了上學期期末考試補考問題發生對立，教授集體辭職。22日，由學生會與用功讀書學生組成之護校團發起挽留教授。23日，梅校長自南京回校，處分救國會帶頭分子，並慰留所有教授。29日，冀察政務委員長宋哲元派兵進入校園逮捕二十一名左派學運學生，後經校方多方奔走，獲得保釋。12月，西安事變爆發，校園左右派學生對立。28日，由潘光旦教務長宣佈解散校園一切學生運動
國立西南聯合大學時期
1937年發生七七事變，抗日戰爭全面爆發。8月5日，日軍即佔領清華園。9月10日，清華奉令與北大、南開在長沙組建國立長沙臨時大學。10月25日，臨大開學，共有文、理、工、法商等四院十七系，文學院另於南嶽上課。1938年1月，因戰爭吃緊，決議搬遷至昆明，臨大組織師生分三路艱難到達昆明，校名改為國立西南聯合大學，梅貽琦任設常務委員會主席。5月4日，聯大開課，三校師生在條件極其艱苦的情況下開展教學、科研工作1939年因戰局吃緊，政府宣佈停付庚款。清華農業、航空、無線電、金屬、社會調查五研究所自行設法維持。8月，清華決定恢復文科研究所，設中文、外文、歷史、哲學四部。1940年，因聯大校園屢遭日軍轟炸，教育部命聯大遷川。8月，聯大決定於四川敘永設立分校，命一年級及先修班新生前往上課。11月，為了培養大後方中小學教師，聯大成立師院附設學校941年1月，敘永分校開始上課。4月，清華大學成立卅年，師生於昆明舉行紀念會，出版學報紀念專刊。8月，敘永分校結束運作，學生返回昆明。10月，文科研究所於昆明東郊龍泉鎮司家營成立，由馮友蘭教授出任校長。11月，與盟軍合作於昆明成立譯員訓練班，並成立師範學院初級部大期間，學生參與青年從軍運動，應徵飛虎隊翻譯，參加中國遠征軍入緬作華還單獨設立昆明辦事
1945年日本投降後，學校開始修繕清華園。次年聯大結束，三校復員。清華在戰爭傷痕下努力恢復發展，1946年2月，部分系所勉強於北平清華園重新復課。5月4日，西南聯大結束，學生依志願分發，入清華者932人，入北大者644人，入南開者65人。三校於昆明立碑紀念八年之艱苦合作。師生陸續北]1948年，清華大學擴充農學、氣象學、法學、航空工程等院系24日，在中國人民解放軍進攻下，國民政府教育部督學前來談遷校事宜，並接走清華5位教師。12月13日，解放軍進軍至西郊，繞開圓明園和清華、燕大，佔領豐臺。中央軍委主席毛澤東指示保護清華、燕京等校。解放軍與國軍戰於學校牆外，不久後國軍退守城內。15日，解放軍進駐海淀鎮，清華園成為華北地區最早被解放軍佔領並宣告解放的高校。12月18日，解放軍第13兵團政治部張貼佈告宣佈嚴加保護學校，阻止搶掠[65][66]。梅貽琦校長於12月14日因公入城，留在城內，後於21日乘飛機前往南京。12月17日，校務會議推舉馮友蘭為臨時主席，代理主持校務
在台復校
1949年中華人民共和國成立，中華民國政府遷守臺灣。梅校長赴歐，後往紐約與中華教育文化基金董事會會商清華基金保管及運用事宜。自1951年開始以清華基金利息協助在美學人研究，並贈送學術書刊儀器給臺灣專科以上學校。1955年，「中美合作研究原子能和平用途協定」正式簽字，政府決定設立原子科學研究機構，發展原子科學之研究，乃電召梅貽琦校長返國籌議。並於同年12月，由行政院組設「國立清華大學研究院籌備委員會」，以教育部長張其昀，清華大學校長梅貽琦，國防、外交、財政、經濟四部代表，暨蔣夢麟、浦薛鳳、錢昌祚，陳雪屏、錢思亮、金開英、洪紳諸先生為委員。
1956年1月1日，即在臺北成立籌備處，以陳可忠為主任；清華在臺復校工作由此開計劃在臺北南港與新竹擇一選校地，但因南港腹地較小，再加上時任新竹縣長朱盛淇的爭取，清大選在新竹赤土崎建校。校地由中國石油公司提撥約40公頃的原日本海軍燃料廠土地，在原子爐開工後，需要更多校地，因此新竹縣長朱盛淇同意再撥約33公頃土地，此時的清華校地共約78公頃
1956年清大在臺復校後首次招生，因校舍還未完工，以國立臺灣大學為上課地點，至此清大校務在臺正式運行。1957年，清大在新竹的教學大樓、辦公大樓、教職員工宿舍、學生宿舍等相繼完工，學生於是返回新竹上課。1961年原子爐興建工程完工，此原子爐土木工程部分由校友華泰建築師張昌華負責設計，機械裝置則由中油、臺電、臺灣鋁業公司分別派員操作，並得到經濟部聯合工業研究所的協助，是臺灣第一次由產官學界共同完成的成
1962年5月19日，梅校長病逝於臺大醫院後，校務暫由教務長陳可忠代理，1965年陳可忠正式擔任校長，在其任內增設了數學、核工、物理、化學系所，增長了清華的教學組織；1968年，清華圖書館（紅樓）啟用，隨後體育館、大禮堂與新校門等相繼落成；1969年，清華與交大聯合舉辦首次的「梅竹錦標對抗賽」，同年7月陳校長退休，由閻振興校長繼任。
1970年9月，閻校長調任至臺大，繼任校長為徐賢修。1973年，經教育部核准，成立工學院、理學院與原子科學院，清大從原本的原子科學所擴張為理工大學。1975年，張明哲擔任清華校長，在其任內，清大為了整合全校研究及對外合作，規劃成立研究發展委員會。1980年大學部增設中國語文學系，清大逐漸邁向綜合大學之路。
1981年毛高文校長任內，正式設置（1995年修訂清大組織規程時，納入正式編制，更名為研究發展處），是臺灣各大學中第一個研究發展行政單位，下設各研究中心。1983年為配合推動國防科技發展，與中山科學院合作成立自強科學研究中心，為推動跨院所系的教學與研究，成立校內原子科學技術發展中心及科學儀器中心。1984年依行政院「加強培育及延攬高級科技人才方案」，成立材料科學中心，為全臺大學中四大重點科技中心之一。之後陸續成立電腦與通訊科技研發中心（1994年）、積體電路設計技術研發中心（2000年）、奈米與微系統科技中心（2001年）、腦科學研究中心（2002年）、當代中國研究中心（2003年）、能源與環境研究中心（2004年）等校級研究中心。
清大為執行「發展國際一流大學及頂尖研究中心計劃」、整合清華重點領域研究，於2006年陳文村校長任內，合併材料科學中心、奈米與微系統科技中心成為奈微與材料科技中心，成立生物醫學科技研發中心（2007年）、人文社會研究中心（2007年）、基礎科學研究中心（2008年）。此外，1997年行政院國家科學委員會在清華校園中，設有國家理論科學研究中心，分為數學組與理論物理組，與校內、外學者互動頻繁；清華為鼓勵研究成果轉為產業價值，1999年成立創新育成中心，績效優異
清大為給學生先入學、瞭解志趣後再選系之機會，在陳文村校長任內，推行各學院院招生，強調跨院系教育、大一不分系，於2006年先增設理學院、科技管理學院學士班，逐年推至各學院，迄2009年，全校所有學院均設有院招生學士班。另外在2008年陳校長任內，創立臺灣第一個強調住宿學院（Residential College）教育的「清華學院」，擷取世界頂尖大學住宿學院之精神，融合清華特色，帶給清華學子嶄新的學習與校園生活環境。
1980年代以來，兩岸清華交流日漸頻繁；1995年沈君山校長率團訪問北京清華，簽定「海峽兩岸清華大學交流合作備忘錄」，交往日益熱絡；2009年陳文村校長再次率團訪問北京清華，簽定「兩岸清華大學學術交流與合作備忘錄」暨「兩岸清華大學教師與學生交流協議」，除加強兩校之師生、學術交流外，並各自提撥基金，支持兩岸清華共同研究計劃之進行年北京清華顧秉林校長率團回訪新竹清華，兩岸清華交流與合作更加密切
2002年，入選中華民國教育部最初7所重點研究型大學之一
2006年以來，在教育部推出的「發展國際一流大學及頂尖研究中心計劃」及「邁向頂尖大學計劃」，清大獲選為重點補助的學校，正穩健地邁向世界一流學府之林。
