1994年7月1日，國立陽明醫學院改制為國立陽明大學，計有醫學院、醫事技術學院（包括醫事技術學系之醫事檢驗及放射技術二組、物理治療學系、醫學工程研究所，以及醫學生物技術研究所）與生命科學院（包括神經科學研究所、微生物及免疫學研究所、生物化學研究所、遺傳學研究所）三個學院及國內首見的院級通識教育中心，共有6個學系與19個研究所。
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年份 |
事紀 |
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1994年 |
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增設「生物藥學研究所」碩士班、「寄生蟲研究所」碩士班、「環境衛生研究所」，與「公共衛生研究所」博士班。
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教育部聘請韓韶華教授擔任「國立陽明大學」首任校長。
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1995年 |
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醫事技術學院更名為「醫學技術暨工程學院」。
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增設「醫學生物技術研究所」碩士班、「神經科學研究所」博士班，醫學系增設急診醫學科。
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1996年 |
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成立免疫學研究中心、社區醫學研究中心、細胞暨分子生物學研究中心、社區護理示範中心。
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韓韶華校長任期屆滿，醫學院張心湜院長接任第二任校長，同時亦為本校首位遴選校長。
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增設護理學院、「生命科學系」、「公共衛生研究所」博士班，醫學系增設泌尿學科。
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1997年 |
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首度辦理推薦甄試入學面試。
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成立醫學工程研究中心。
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醫學系神經精神病學科二分為神經學科及精神學科。
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1998年 |
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創新育成中心成立。
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增設「傳統醫學研究所」博士班、「寄生蟲學研究所」博士班、「環境衛生研究所」碩士班、「放射醫學科學研究所」碩士班。
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醫事技術系放射組改制為「醫學放射技術學系」，醫事技術系醫事檢驗組改名為「醫事技術學系」。
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陽明大學教師會成立。
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1999年 |
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張心湜校長任期屆滿卸任，由曾志朗副校長接任本校第三任校長。
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醫學系增設家庭醫學科。
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研究發展室成立。
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「榮陽基因體定序團隊」正式對全世界公佈台灣第一個百萬鹼基人類基因體定序資訊成果，成功排出人類第四號（對）染色體上部分基因，成為全球從事人類第四號染色體定序團隊中，首先排出最長DNA序列的研究團隊。
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2000年 |
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榮陽團隊公佈完成第四號染色體千萬鹼基定序。
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曾志朗校長榮任教育部部長，校長職務由教務長吳妍華代理。
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增設牙醫學院、「臨床牙醫科學研究所」博士班、「物理治療研究所」碩士班、「衛生資訊與決策研究所」碩士班、「醫務管理研究所」碩士在職專班（報奉延後一年招生）。
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「解剖學研究所」更名為「解剖暨細胞生物學研究所」，分為解剖學和細胞生物學兩組。
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2001年 |
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「陽明電子報」創刊。
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增設「醫學生物技術研究所」博士班、「放射醫學科學研究所」博士班、「復健科技輔具研究所」碩士班。
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牙醫科學研究所碩士班、臨床牙醫科學研究所博士班合併為「臨床牙醫學研究所」。
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「陽明大學文化生活廣場」開幕。
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吳妍華代理校長經遴選正式接任本校第四任校長。
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2002年 |
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與國立清華大學、國立交通大學、國立中央大學三所大學共組「台灣聯合大學系統[1] （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）」。
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入選中華民國教育部最初7所重點研究型大學之一
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與國立台北藝術大學、國立政治大學兩校舉行學術合作簽署典禮及記者招待會。
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增設「口腔生物研究所」博士班、「放射醫學科學研究所」博士班、「生醫光電工程研究所」碩士班。
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2003年 |
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醫學系首度辦理外籍學生招生。
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增設「生物藥學研究所」博士班、「護理學研究所」博士班、「生物資訊研究所」碩士班及博士班、「急重症醫學研究所」碩士班，微生物及免疫學研究所與中央研究院合作成立「分子醫學學程」。
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2004年 |
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增設「環境衛生研究所」博士班。
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寄生蟲學研究所更名為「熱帶醫學研究所」，醫事技術學系更名為「醫學生物技術暨檢驗學系」。
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吳妍華校長連任第五任校長。
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2005年 |
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西安街研究生宿舍新建工程舉行開工動土典禮。
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生物化學研究所更名為「生化暨分子生物研究所」。
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醫學系增設環境暨職業醫學科、物理治療學系暨研究所增設碩士在職專班。
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物理治療學系及物理治療研究所系所合一，更名為「物理治療學系暨研究所」。護理學系及護理學研究所博士班系所合一，更名為「護理學系暨研究所」。生物化學研究所更名為「生化暨分子生物研究所」。
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明定台北市立聯合醫院為教學醫院。
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2006年 |
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醫學系增設骨科學科，增設「生醫光電工程研究所」博士班、「衛生福利研究所」博士班、「腦科學研究所」碩士班、「護理學系暨研究所」碩士在職專班。
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生命科學系、遺傳學研究所合併為「生命科學系暨基因體科學研究所（學士班、碩士班、博士班）」。醫學放射技術學系、放射醫學科學科學研究所，合併為「生物醫學影像暨放射科學系（學士班、碩士班、博士班）」。
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2007年 |
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成立藝文中心，負責辦理各項藝文活動。
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增設人文與社會科學院。
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醫學技術暨工程學院更名為「生物醫學暨工程學院」。解剖暨細胞生物學研究所更名為「解剖學及細胞生物學研究所（碩士班）」。解剖學科更名為「解剖學及細胞生物學科」。寄生蟲學科更名為「熱帶醫學科」。社會醫學科更名為「公共衛生學科」。臨床護理研究所、社區護理研究所，調整新增為「臨床暨社區護理研究所（碩士班）」。環境衛生研究所更名為「環境與職業衛生研究所（碩士班）」。物理治療學系暨研究所、復建科技輔具研究所，合併為「物理治療暨輔助科技學系（學士班、碩士班、碩士在職專班、博士班）」。生物資訊研究所及衛生資訊與決策研究所，調整新增為「生物醫學資訊研究所（碩士班、博士班）」。醫學生物技術暨檢驗學系、醫學生物技術研究所系所合一，更名為「醫學生物技術暨檢驗學系（學士班、碩士班、博士班）」。牙醫學系、臨床牙醫學研究所系所合一，更名為「牙醫學系（學士班、碩士班、博士班）」。
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為積極拓展國際交流與合作，成立「國際學術交流中心」。
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年份 |
事紀 |
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2008年 |
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自創校以來，雖經行政院指定榮民總醫院為該校教學醫院，但因無直屬附設醫院，於1月1日，由原署立宜蘭醫院正式改名為國立陽明大學附設醫院[2]。
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本校藝文中心正式揭幕並舉辦首展。
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財團法人高等教育評鑑中心公佈2008年台灣基礎科學指標（Essential Science Indicators，ESI）論文統計結果，本校教師平均論文數居台灣各大學之冠。
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增設「科技與社會研究所」碩士班、「心智哲學研究所」碩士班、「腦科學研究所」博士班。
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臨床醫學研究所、熱帶醫學研究所整併為臨床醫學研究所（碩士班、碩士在職專班、博士班）。
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2008世界大學科研論文質量評比公佈，本校在不分領域排名為第475名。在分領域排名方面，本校以臨床醫學領域排名世界第264名，台灣第2名；神經科學與行為學領域則為台灣第1名。
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2009年 |
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成立「生物醫學工程學系」。
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生醫光電工程研究所更名為「生醫光電研究所」。
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物理治療暨輔助科技學系碩士在職專班停招。
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原國立中國醫藥研究所管理之國有建物，奉行政院核准撥使用。
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奉教育部函同意，本校校長職務自98年11月12日起至99年8月1日新任梁賡義院士到任前，由吳妍華教授代理。
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2010年 |
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吳妍華代理校長任期屆滿，梁賡義校長接任第六任校長。
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護理學系暨研究所更名為「護理學系」（含學士班、博士班、碩士在職專班）。
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增設「國際衛生碩士學位學程」、「分子醫學博士學位學程」。
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2011年 |
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「醫學工程研究所」與「生物醫學工程學系」整併為「生物醫學工程學系」（含學士班、碩士班、博士班）。
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2012年 |
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本校附設醫院新院區主體工程舉行動土典禮。
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英國高等教育調查公司QS公佈全球建校未達50年的潛力大學（Top 50 Under 50）排行，陽明大學排名第37，為台灣唯一進榜大學
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增設「轉譯醫學博士學位學程」。
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原榮光幼稚園空間整修後落成啟用，更名為博雅中心，二樓為學生事務處。西安街研究生宿舍更名為「西安樓（Xi-An Building）」。
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2013年 |
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研究生暨國際學生宿舍及游泳池重建工程舉行動土典禮。
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公共衛生學科更名為「公共衛生暨醫學人文學科」。
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增設「視覺文化研究所」碩士班、「跨領域神經科學國際研究生博士學位學程」、「亞際文化研究國際碩士學位學程」（台灣聯合大學系統）。
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2013年10月經校務會議通過，梁賡義校長確定續任本校第七任校長，新任期為2014年8月1日起。
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自102學年度起，生醫科學暨工程跨領域學士學位學程更名為「生醫光電暨奈米科學 學士學位學程」。
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2014年 |
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頂尖研發大樓新建工程舉行開工動土典禮。
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於年初公佈之「QS University Rankings: Top 50 Under 50」排名第30名，為台灣唯一進榜之大學
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增設「光電博士學位學程（台灣聯合大學系統）」、「跨領域神經科學博士學位學程（台灣聯合大學系統）」。
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2015年 |
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增設「學士班大一大二不分系」、「醫學系B組」、「公共衛生碩士學位學程」、「社區健康照護研究所」碩士班、「生技醫療經營管理碩士在職學位學程」。
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臨床暨社區護理研究所更名為「臨床護理研究所」。
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經教育部核定並經考試院核備同意，增列醫療財團法人徐元智先生醫藥基金會亞東紀念醫院為教學醫院。
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2016年 |
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原與新竹交通大學合校備忘錄草案，經校務會議否決。
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物理治療暨輔助科技學系自105學年度開始招收六年制學生，原四年制課程將停招，為台灣首個全六年制物理治療大學教育（Doctor of Physical Therapy，DPT）。
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成立藥物科學院，增設「藥學系」，於105學年度招收第一屆學士班學生。
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增設「環境科技博士學位學程（台灣聯合大學系統）」。
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學生男五舍、女五舍（原研究生暨國際學生宿舍）啟用並自105學年度開始入住。
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國立陽明大學附設醫院蘭陽院區正式啟用。
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2017年 |
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增設「生技醫療產業博士學位學程」、「生物醫學暨工程科技產業博士學位學程」、「食品安全及健康風險評估研究所」、「急重症醫學研究所博士班」。
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頂尖研發大樓於10月正式啟用，並定名「守仁樓」，位於一樓的多功能講堂「膺才廳」也於九月底落成啟用（由大中華集團賀鳴鐸董事長捐贈）。
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梁賡義校長於12月1日提前離職，並就任國家衛生研究院院長。校長遴選委員會自7月起開始運作，於11月遴選出第八任校長郭旭松先生，交接過渡期間由高閬仙前副校長擔任代理校長一職。郭旭松先生於12月21日起正式擔任校長一職，並於29日交接典禮上宣佈兩位新任副校長為楊慕華老師與鄭凱元老師，新任主任秘書為陳怡如老師。
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2018年 |
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7月16日，由衛生福利部與科技部推動的「亞太生醫矽谷精準醫療旗艦計劃」，今年啟動榮陽團隊與美國哈佛大學合作案，未來將透過榮陽團隊與哈佛大學、國家衛生研究院三方合作，進行精準醫療方面的研究與發展。
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8月，增設臨床護理研究所博士班。
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9月11日，與大同大學、馬偕紀念醫院、臺北護理健康大學、銘傳大學創新育成中心結盟，打造士林北投科技園區成為最大生醫育成聯盟。
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9月15日，附設醫院舉行院長交接及宣誓典禮，羅世薰院長任滿，於郭旭崧校長監交下，由臺北榮總直腸外科楊純豪教授接任新任院長。
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9月26日，陽明召開臨時校務會議，針對「是否啟動合校」進行討論，會中經校務會議代表投票表決，同意啟動合校。啟動合校程序後，未來將決定合校對象優先順序，確定對象後組成工作小組與合校對象議約，後續仍需再由校務會議審查，再將結果送教務部審查。
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11月16日，「士林校區創新育成大樓興建工程」舉行開工動土典禮。
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12月26日，根據校務會議投票結果，決議優先與國立交通大學進行合校議約。
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12月27日，校史展示「憶。空間」於圖書館大廳舉行開幕。
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