2000年3月，澳門特區政府行政長官何厚鏵頒佈「第19/2000號行政命令」，認可成立澳門科技大學。
2001年，澳門科技大學得到中國教育部、國務院港澳事務辦公室和公安部的批准和協助向中國內地招生。
2006年，藥物及健康應用研究所成立。同年，澳門科技大學的擁有權轉予澳門科技大學基金會。
2010年，澳門科技大學成立十周年，國際小行星中心和國際小行星命名委員會批准國際編號為200003號的小行星，正式命名為「澳科大星」。
2010年，太空科學研究所成立。
2011年1月，中藥質量研究國家重點實驗室（澳門科技大學）由中華人民共和國科學技術部批准正式成立。
2013年1月23日，學校突然宣佈上調學費，引起澳門社會各界質疑。（請參見澳門科技大學學費風波）於2月1日校監廖澤雲在接受媒體採訪回應後，此風波告一段落。
2014年11月，澳門科技大學——中國科學院月球與行星科學實驗室成立。
2016年12月，諾貝爾生理學或醫學獎得主埃爾文·內爾在澳門科技大學成立「埃爾文·內爾博士生物物理與中醫藥研究室」，該研究室為澳門首個諾貝爾獎得主實驗室；埃爾文·內爾博士並應邀加入澳門科技大學作特聘教授。
2016年，美國湯森路透集團公佈了2016年度全球高被引科學家名單「Highly Cited Researchers 2016」，澳門科技大學李志武教授和李頌孝教授分別在工程學和數學領域成功入選， 成為澳門地區入選人次最多的高校
2018年7月，澳門科技大學獲中華人民共和國科學技術部批准成立月球與行星科學國家重點實驗室。
2019年，澳門科技大學等27所中國高校聯合成立中國高校行星科學聯盟。
2020年12月，珠海市人民政府宣佈，澳門科技大學將設立澳門科技大學珠海校區。
2021年，澳門科技大學與珠海市人民醫院合作將珠海市人民醫院建成澳門科技大學醫學院第一附屬醫院
