1988年，由澳門政府主導的澳門基金會收購了東亞大學並改組成為公立大學，於1991年改名為澳門大學（Universidade de Macau）。原東亞大學理工學院則獨立為公立的澳門理工學院（Instituto Politécnico de Macau），而東亞大學的研究院和公開學院則合併為東亞公開學院，仍以私營模式運作。
1992年9月，澳門政府通過「亞洲（澳門）國際公開大學章程」，東亞公開學院更名為亞洲（澳門）國際公開大學。
2004年起，中國教育部批准亞洲（澳門）國際公開大學在中國大陸招收碩士生，而從2005年起，大學可在中國大陸招收博士生。
2010年，陳明金先生接任該大學的行政委員會主席。
2011年，亞洲（澳門）國際公開大學更名為澳門城市大學。
2015年，校本部遷回東亞大學原址部分區域
