資訊科技學院（FI）
資訊科技學院創建於2000年，開設計算機科學、電子與信息工程、軟件工程三個理學學士學位課程和計算機與資訊系統、通訊工程、太空資訊技術、應用數學與數據科學四個理學碩士學位課程，並設有理學博士課程，包括計算機技術及其應用、電子資訊科技、太空資訊技術。研究項目涉及的領域包括計算機圖形學與可視化，計算機網絡與通訊，決策支持技術，以及知識工程。
現任院長為張渡教授。
商學院（MSB）
商學院創立於2000年，下設有會計與財務金融學系、決策科學系。現有全日制本科生、碩士研究生、博士研究生3000餘人，專業範圍覆蓋金融學、會計學、營銷學、國際貿易、人力資源管理、供應鏈管理、公共行政管理等多個領域。
現任院長為蘇育洲講座教授（副校長兼任）。
酒店與旅遊管理學院（FHTM）
國際旅遊管理系在2003年創立，2007年9月國際旅遊學院正式成立，並於2012年2月正式更名爲酒店與旅遊管理學院。學院有本科學生近三千人，碩士研究生、博士研究生過百人。學院開設了會展管理、酒店管理學、賭博管理、文化遺産旅遊管理、電子旅遊以及服務素質和零售管理等專業方向的學士、碩士、博士學位課程。
現任院長為吳國民教授。
人文藝術學院（FA）
人文藝術學院成立於2008年9月，學院設有文物修復實驗室、金木工實驗室、陶藝實驗室、新聞多媒體實驗室，設有設計學、傳播學博士、碩士、學士三級學位課程，美術學博士、碩士二級學位課程。藝術學-藝術設計學士學位課程下設產品設計、景觀設計、室內設計、視覺傳達設計四個方向，設計學博士學位課程下設文化遺產保護、設計管理、藝術設計理論與實踐三個方向，設計學碩士學位課程下設文化遺產保護、設計管理、產品設計、室內設計、傳媒設計、服裝與紡織品設計六個方向。新聞傳播學學士學位課程下設數據新聞學、傳播學、公共關係與廣告學三個方向。傳播學博士學位課程下設媒介、文化與傳播、策略傳播、全球營銷傳播三個方向，碩士學位課程下設新媒體傳播、整合行銷傳播兩個方向。美術學博士與碩士學位課程下設美術史與美術理論研究、繪畫理論與實踐研究兩個方向。
現任院長為張志慶教授，副院長為蔣瀟玲助理教授。 現任國際事務交流委員會主任為王雪青教授，國際事務交流委員會副主任為劉鵬助理教授。
電影學院（AF）
澳門科技大學電影學院成立於2015年，是澳門高等教育機構中首個電影藝術研究及教學機構。學院隸屬於人文藝術學院，開設電影管理博士、電影管理碩士學位課程，以及電影製作碩士、學士學位課程，表演藝術學士學位課程。
現任院長為尹鴻教授，總監為蔣瀟玲助理教授。
法學院（FL）
法學院建院於2000年，首任法學院院長為蕭蔚雲教授。
學院課程教授中國大陸法律、澳門及當今世界主要法治國家的法學理論。除本科生培養外，法學院還開設法學碩士和法學博士學位課程。課程包括：憲法和基本法、法律史、法理學、民法學、刑法學等專業。
現任院長為方泉教授。
中醫藥學院（FC）
中醫藥學院成立於2000年，是經國家教育部學歷認可的澳門地區高等中醫藥人才培養基地，但其中醫學學士並非香港中醫藥管理委員會中醫執業資格試認可課程。[26]學院目前專業設置有生物醫學學士、中醫學學士、中藥學學士及中醫臨床醫學碩士、中藥學碩士、中醫學博士、中藥學博士及中西醫結合博士等課程。
現任院長為周華教授
醫學院（FMD）
醫學院就公共衛生學、護理學、營養學、醫學、藥學五大範疇，共設有六個學位課程，分別為公共衛生學博士學位課程、公共衛生學碩士學位課程、護理學碩士學位課程、食品與營養科學學士學位課程、內外全科醫學學士學位課程、藥學學士學位課程。此外，學院另附設兩所培訓中心，包括：醫療及衛生持續培訓中心及專業醫療發展中心。
現任院長為霍文遜教授。
藥學院（SP）
學院是新成立的教育單位，開設藥學學士與藥學博士學位課程。
現任院長為朱依諄教授。
