1991年9月，根據《第50/91/M號法令》，澳葡政府將東亞大學更名澳門大學，並在次年二月頒佈《第25/92/M號訓令》（《澳門大學章程》），並以培養澳門人才為目標。大學重組後，學生人數急劇上升。截至澳門回歸前夕，學生人數增至約三千人，而澳門本地學生的比重亦由創校時的39%增至80%。原屬東亞大學的理工學院則獨立為公立的澳門理工學院，而東亞大學的研究院和公開學院則合併為東亞公開學院（今澳門城市大學），以私營模式運作。1995年，首屆碩士生畢業，同年中國銀行澳門分行開始發行1995年版澳門幣，其中50元紙幣的正面圖案為澳門大學遠景。1997年，大學首位博士生畢業，葡萄牙共和國總統沈拜奧於同年到訪澳門大學。
1999年澳門回歸後進一步優化校園，並推動設置一系列新課程、調低學費及提供獎學金和財政支援。2002年，大學成立修章工作小組，啟動對大學章程的修訂工作，實現大學步向現代化和國際化，並於2006年通過新大學章程。修章帶來的學術自由和行政彈性加速了大學日後發展步伐。2006年也是澳門大學建校25週年校慶，澳門郵政特於9月28日發行了紀念郵票，小型張的圖案為行政樓和澳門總督韋奇立贈予澳大的畢業生銅像。2007年2月，葡萄牙總理若瑟·蘇格拉底到訪澳門大學。
澳門大學新校區時期
2009年，國務院將珠海市橫琴島東部，橫琴口岸南面，與路氹城一河之隔的一幅約一平方公里土地租借給澳門特別行政區作為興建澳門大學新校區之用，並批准依澳門法律實施管轄。
新校園在2009年12月20日（澳門回歸十周年）奠基，時任中共中央總書記、國家主席胡錦濤在行政長官崔世安的陪同下出席了新校園的奠基儀式。2013年7月20日，澳門大學新校區正式使用澳門法律實施管轄，11月5日新校園正式啟用。新校區由建築師何鏡堂設計，比原校園大20倍。新校園在行政區劃上被納入氹仔，法定地址為澳門氹仔大學大馬路。
2014年5月18日，葡萄牙總統席爾瓦率團訪問澳門大學。2014年12月20日，中共中央總書記、國家主席習近平視察澳門大學，參觀大學展館和住宿式書院，讚揚澳大辦學制度理念創新。2018年4月16日，教育部向澳門大學贈送的「博雅之璧」雕塑，喻意弘揚中華優秀傳統文化和美德。
2014年9月5日，澳門郵政專門發行了澳門大學新校園郵票
