歷史香港專業教育學院的歷史可追溯至1969年成立的摩理臣山工業學院，至1970年代末期先後再有四間（觀塘、葵涌、黃克競、李惠利）工業學院成立，當時的工業學院都由教育司署負責管理，直到1982年移交新成立的職業訓練局營辦，並繼續接受政府的公帑資助；其時頒發的學歷主要是證書（供中三畢業學生修讀）和文憑（供中五畢業學生修讀）。1993年，由於香港理工學院（今香港理工大學）和城市理工學院（今香港城市大學）準備在次年升格大學，政府於是安排職業訓練局成立兩間科技學院（柴灣、青衣）接辦兩間理工學院的高級證書及高級文憑（供中七畢業學生修讀）課程。1999年，職業訓練局旗下的7間工業學院（摩理臣山、觀塘、葵涌、黃克競、李惠利、屯門及沙田）及2間科技學院（柴灣、青衣）合併成為「香港專業教育學院」。
運作
香港專業教育學院的九間分校曾以校組（Nexus）制度管理，由三間規模較大的分校為核心，分成三個校組：柴灣校組（包括柴灣、黃克競及李惠利分校）、青衣校組（包括青衣、摩理臣山及屯門分校）和沙田校組（包括沙田、觀塘及葵涌分校），校組制度沿用至2008/09學年取消。自2009/10年度起，改行學科主導管理制度（Discipline Matrix Management System）。
課程
香港專業教育學院具有學科範圍評審資格，可頒授上至高級文憑的副學位。
在1970至1990年代，香港工業學院主要為中五會考生及中七預科畢業生提供全日制的文憑及證書課程，並為在職學生提供夜間制及給假調訓制的證書課程。為配合香港理工學院及城市理工學院於1993年升格大學，香港政府安排職業訓練局設立香港科技學院接辦兩間理工學院的高級證書及高級文憑課程，兩間科技學院分別位於柴灣及青衣。香港工業學院及香港科技學院於1999年改制為香港專業教育學院，高級文憑的課程比例逐漸增加，並取代原先的文憑課程，而原本集中在柴灣及青衣兩間分校開辦的高級文憑及高級證書，也開始擴展至香港專業教育學院的各分校。學院同時為未達高級文憑入學水平的中五學生開辦基礎文憑課程(後改為基礎課程文憑)，完成基礎文憑後可申請報讀高級文憑課程。
香港於2012年推行新高中學制後，學院主要為中六完成香港中學文憑的學生，提供一年制基礎課程文憑及兩年制高級文憑課程，並為中三程度的離校生提供中專程度的職業教育課程。學院同時繼續為在職人士提供夜間的證書至高級文憑課程。學院的學術範疇包括健康及生命科學、商業、幼兒、長者及社會服務、酒店及旅遊、工程、設計、資訊科技等類別。學院除聘用全職導師外，也會邀請業內人士為部分課程提供指導
