香港浸會大學前身為1956年成立的香港浸會書院（曾被邀請加入其時的中文專上院校聯會，以爭取及籌備成立香港中文大學，但最後拒絕加入），首任校長為林子豐博士。該院於創辦初期只開設外國文學系、社會學系、數理學系、土木工程學系及工商管理學系的文憑課程，後來於1968年開設傳理系。1972年始改稱香港浸會學院，1983年，受大學及理工教育資助委員會資助，院校得以於1986年開始，該院開辦學位課程，成為資助大專院校。
1994年11月，立法局通過有關條例，香港浸會學院正式升格為大學，成為香港八所教資會轄下並可頒授學位的高等教育院校之一。
2004年，香港浸會大學、北京大學、北京師範大學及新加坡國立大學共同設立「北京－香港－新加坡非線性與複雜系統聯合研究中心」。
2005年，香港浸會大學和北京師範大學在中國內地的珠海市合作建立北京師範大學-香港浸會大學聯合國際學院。
