1495年2月，當時的鴨巴甸主教威廉·艾爾芬斯通受蘇格蘭國王詹姆士四世差遣，到羅馬求見教宗歷山六世，希望教宗御許於鴨巴甸老城區（Old Aberdeen）成立一所大學，稱國王學院（King's College）。教宗在1495年2月6日與艾爾芬斯會面，在細細詢問過為何要於鴨巴甸成立大學、以及財政方面如何維持之後，覆以教宗詔書，鴨巴甸大學正式成立。大學在剛成立的時候一共只有36名教師和學生。
1497年，大學設立了世界上第一個講英語的醫學教學職位，同時成立了英語系國家第一所醫學院。大學主要為蘇格蘭北部培養醫生、教師和牧師，並為當時的蘇格蘭政府培養律師和管理人才。
1593年，第五代馬修伯爵喬治·基斯在南面鴨巴甸的新城區中心地區創立了鴨巴甸第二所的大學馬修學院（Marischal College）。
1860年，兩所學院根據英國議會通過的「1858年蘇格蘭大學法案」（Universities (Scotland) Act 1858）合併，正式稱為鴨巴甸大學。法案還同時規定大學的校齡從國王學院起算，因而是蘇格蘭第三和英國第五老的大學。之前的四所大學按建校時間先後順序分別是牛津大學、劍橋大學、聖安德魯斯大學和格拉斯哥大學。
合併後的國王學院校址主要教授人文藝術和神學，而馬修學院所在地主要教授醫學和法律。1892年，新的科學院在馬修學院內建立。1894年，大學第一批女學生入學。
1950年，大學大量增加招生，馬修學院由於地處現在的鴨巴甸市中心，逐漸無法容納越來越多的師生。除醫科外，大學的主要授課地點逐漸往北面的國王學院原址遷移。現在的馬修學院主要只作為藝術博物館和學生畢業的大禮堂之用，而其古老優美的建築風格也是鴨巴甸市中心的旅遊景點之一。
2000年 在2001年鴨巴甸區的北部教育學院合併，教育繫於同年成立。在2003年大學作出內部重組，之前五個學系重組成三個學院。學院內的小學院，如商學院等亦於同年成立。
2006年，在2月大學與鴨巴甸市地區政府達成協議，將馬修學院租給鴨巴甸市地區政府作為辦公室使用，年期為175年，鴨巴甸市地區政府會一次付出四百七十萬英鎊作為租金。 大學近年作出一連串大規模投資，為未來作出準備。大學在未來十年將會使用2.3億英鎊來提升學校的設備。投資項目包括醫學大樓，圖書館，體育中心等等。大學更成立了一系列的「第六世紀獎學金」並在各科增聘了多位教授。
