最初，迪肯大學只有吉隆市的一個校園。至1980年代末，由於聯邦的教育改革，迪肯才有了更大的發展契機。先後與華南布爾高等教育學院，以及維多利亞學院的大部分合併。1990年代，迪肯大學在維多利亞州曾一度擁有六個校區；其中，三個在墨爾本（包括Burwood校區、Clayton「Rusden校區」、以及Malvern「Toorak校區」)，兩個在吉隆，一個在華南布爾。
2001年前後，學校決定關閉以環境科學系和教育係為主的Clayton「Rusden校區」，學生和教學設施都併入了Burwood校區；而現在原「Rusden校區」的建築已經改建為學生公宿舍大樓，成為蒙納許大學Clayton校區的一部分。2007年，學校再將位於Malvern的「Toorak校區」關閉；所有的設備、資源都集中於Burwood校區；同時，將Burwood校區改稱為「墨爾本校區」。
為了加強農村地區的醫療力量，2006年4月8日，時任聯邦政府總理的約翰·霍華德宣佈，將在迪肯大學設立醫學院。2008年5月1日，迪肯大學醫學院正式成立；這是繼墨爾本大學和蒙納士大學之後，維多利亞州第三所醫學院。
自2008年，在主掌教務的副校長約翰·羅森堡（John Rosenberg）教授的決策下，迪肯大學着手仿傚邦德大學以「每年三學期」的制度，代替了一般「每年兩學期」的制度。儘管這項改革尚存爭議，但是充分表現出迪肯大學銳意改革、不斷進取的興學宗旨。
