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技術學院時期

• 1999年，升格大仁技術學院。設藥學系、食品衛生系、環境衛生工程系、工業安全衛生系、醫務管理系。增設五年制資訊管理科。增設二年制日、夜間部餐飲管理科及餐旅管理科。
• 2000年，增設休閒運動管理系。
• 2001年，護理科改制護理系。
• 2002年，增設環境管理研究所、餐旅管理系、幼兒保育系。食品衛生系改名食品科技系。環境衛生工程系改名環境工程生與科學系。工業安全衛生系改名職業安全衛生系。
• 2003年，增設製藥科技研究所、餐飲管理系、應用外語系、行銷與流通管理系、資訊管理系。整合健康事業管理系、資訊管理系、行銷與流通管理系及資訊工程系組成管理學群；整合環境管理研究所、製藥科技研究所、生物科技研究所、藥學系、食品科技系、生物科技系、環境工程與科學系、職業安全衛生系、護理系組成健康學群。整合應用外語系語幼兒保育系組成人文學群。
• 2004年，增設生物科技研究所、休閒健康管理研究所、資訊工程系、社會工作系、生物科技系、五年制餐飲管理科。同年5月，管理學群改名資訊暨管理學群、健康學群改名環境與健康學群。

科技大學時期

• 2005年，改名大仁科技大學。設資訊暨管理學院、環境暨健康學院。增設食品科技研究所、五年制幼兒保育科。整合休閒健康管理研究所、休閒運動管理系、餐飲管理系、餐旅管理系、觀光事業系組成休閒暨餐旅學院。整合應用外語系、幼兒保育系、社會工作系組成人文暨社會學院。
• 2006年，增設觀光事業系。環境工程與科學系改名環境資源管理系。
• 2007年，增設數位多媒體設計系、五年制觀光事業科。
• 2008年，環境暨健康學院改名藥學暨健康學院。休閒健康管理研究所改名休閒事業管理研究所；醫務管理系改名健康事業管理系。食品科技系增設保健營養組、食品科技與管理組之分組。環境資源管理系分設能源科技組、環境技術與管理組之分組。資訊工程系增設晶片設計組之分組。餐飲管理系併入餐旅管理系並分設餐飲管理組、旅館管理組、廚藝組之分組。
• 2009年，增設時尚美容應用系、銀髮生活事業管理學位學程。資訊工程系取消分組。
• 2010年，餐旅管理系增設飲料管理組。停招銀髮生活事業管理學位學程。
• 2011年，增設文化創意產業研究所。食品科技系食品科技與管理組改名食品科技系食品技術與應用組。環境資源管理系取消分組並與職業安全衛生系合併為環境與職業安全衛生系，分設環境科技組、職業安全衛生組之分組。
• 2013年，增設社會工作系原住民專班、寵物美容學位學程。資訊工程系改名資訊工程與娛樂科技系、資訊管理系改名資訊應用與管理系。食品科技系、餐旅管理系、環境與職業安全衛生系等三系取消分組。資訊暨管理學院改名智慧生活學院。
• 2014年，增設消防安全學士學位學程。智慧生活學院改名智慧生活暨管理學院。同年7月1日起，受教育部委託代管已停辦之高鳳數位內容學院歷年學生學籍資料。
• 2015年，增設觀光事業系原住民專班、生命關懷事業學士學位學程、銀髮創意產業學士學位學程。藥學系四技日間部分設6年制臨床藥學組、5年制藥學組。
• 2016年，增設電子商務創新應用學士學位學程。停招應用外語系英文組。規劃成立原住民學院
• 2017年，停招資訊應用與管理系。
• 2018年，增設二技進修部消防安全學士學位學程、環境與職業安全衛生系、寵物美容學位學程。增設四技日間部原鄉發展與運用學士學位學程。食品科技系取消保健營養組、食品技術與應用組之分組。寵物美容學位學程改名寵物照護暨美容學士學位學程。停招生物科技系、電子商務創新應用學士學位學程、行銷與流通管理系。停招進修部幼兒保育科。停招二技日間部護理系。停招四技進修部休閒運動管理系。人文暨社會學院、智慧生活暨管理學院，整併為人文暨資訊學院。
• 2019年，增設社會工作系碩士班。增設數位多媒體設計系二技進修部、食品科技系二技進修部。停招四技進修部觀光事業系、環境與職業安全衛生系。停招銀髮創意產業管理學士學位學程二技進修部。應用外語系更名為應用日語系。
• 2020年，停招原鄉發展與運用學士學位學程、資訊工程與娛樂科技系四技部日間部、幼兒保育系、食品科技系碩士班、消防安全學士學位學程四技進修部。應用外語系改名應用日語系。
• 2021年，停招食品科技系、時尚美容應用系。生命關懷事業學士學位學程改名生命禮儀暨關懷事業系。文化創意產業研究所與數位多媒體設計系，整併並改名為多媒體設計系文創碩士在職專班。