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該大學由陸伊莎·史蒂文森和克利斯蒂安·懷特（Christian Guthrie Wright）成立於1875年，當時稱愛丁堡烹飪及家政學校（The Edinburgh School of Cookery and Domestic Economy）這二人都是愛丁堡女子教育協會的成員，因此最初也是女子學院

1891年學校搬至Atholl Crescent，拓展了其課程並開始為學生提供住宿。1909年，被置於蘇格蘭教育部管轄之下。第一任校監是Ethel De la Cour。 此人在1930年退休，同年大學改名愛丁堡家政學院（ Edinburgh College of Domestic Science）。

1961年有了Corstorphine校區，此校區在1970年由愛麗斯王妃剪綵，公爵夫人到2004年去世為止一直是該大學贊助人 1972年，改名瑪格麗特皇后學院（Queen Margaret College）。擴展了特別是在護理與醫療保健方面的學科，以下是被吸納入該大學的教育機構：

• 愛丁堡演講與戲劇學院（Edinburgh College of Speech and Drama，1929年建，1971年加入）
• 愛丁堡言語治療學校（Edinburgh School of Speech Therapy，1946年建，1975年加入）
• 愛丁堡皇家醫院理療學校（Royal Infirmary of Edinburgh School of Physiotherapy，1940年建，1978年加入）
• 阿斯特利安斯利醫院職業治療訓練中心（Astley Ainslie Hospital Occupational Therapy Training Centre，1937年建，1979年加入）
• 愛丁堡足療所和足療學校（Edinburgh Foot Clinic and School of Chiropody，1924年建，1984年加入）
• 愛丁堡放射照相術學校（Edinburgh School of Radiography，1936年建，1992年加入）
• 愛丁堡大學藝術療法學校（Edinburgh University Settlement School of Art Therapy，1992年建，1997年加入）

1992年，英國樞密院授予瑪格麗特皇后學院頒發自己部份學位的資格，1998年獲得全部學位頒發資格9年改名瑪格麗特皇后大學學院（ Queen Margaret University College），2007年1月改現名。