臺北城中校區
城中校區位於臺北市正區，佔地14.55公頃，由臺大醫院西址（常德街1號）、臺大醫院東址（中山南路7號）、醫學院（仁愛路一段1號）及公衛學院（徐州路17號，係利用政治學系及經濟學系學生宿舍球場改建）所構成。原位於本校區的社會科學院政治學系及經濟學系，已於2014年9月遷入校總區新社科院大樓。原址徐州路21號規劃轉交國家級研究中心使用，但目前仍未定案。
雲林虎尾校區
雲林校區位於雲林縣虎尾鎮，佔地57.03公頃，其中臺大醫院雲林分院虎尾院區佔地5公頃，校區中第一棟建築農業創新及教育推廣中心於2016年4月21日舉行動工典禮。
新竹竹北校區
臺灣大學竹北校區位於新竹縣竹北市光明六路東一段、莊敬北路路口，佔地22.08公頃，為一開發中校區，校區內第一棟建築碧禎館已完工。校園整體規劃已於2016年9月獲教育部審核通過，預計將於2017年設立推廣學院。未來將發展與整合生物醫農及尖端科技相關領域的教育訓練與學術研究，與生醫園區相輔相成；為此，該校將發展跨領域研究中心、產學合作中心及教育訓練中心，以醫學、工學、電機資訊、生命科學及管理等五大學院為主。
其他校地
- 附設醫院：位於臺北市中正區佔地17.74公頃
- 安坑農場：位於新北市新店區，佔地20.53公頃。
- 文山植物園：位於新北市石碇區，佔地5.04公頃。
- 山地農場：位於南投縣仁愛鄉，佔地1,091.08公頃。
- 實驗林：位於南投縣信義鄉、水里鄉及鹿谷鄉，佔地32,793公頃。
- 其他零星校地：佔地20.83公頃
