臺北校區
臺北校區位於臺北市三級古蹟臺北郵局四樓，目前設有經營管理研究所原名管理科學研究所），有碩士班（含在職專班）及博士班。由於地處臺灣的政經中心，校方的媒體記者會、產學合作、校友聯誼、招生宣傳等，經常在此舉行。
交大校友會台北分會及交大管研所校友會在台北校區設有常駐辦公室，經常舉辦各項產學合作及校友聯誼活動。運輸管理研究所亦有部分碩士班及博士班設立於此。
臺南校區
臺南校區位於臺南市歸仁區，鄰近高鐵臺南站及臺鐵沙崙站，目前設有光電學院碩、博士班，智慧科學暨綠能學院（AI學院）碩、博士班
目前臺南校區佔地8.2公頃，總面積預計達49.2公頃。
竹北校區
竹北校區分為六家校區、璞玉計劃兩大部分。六家校區（客家文化學院）位於新竹縣竹北市。而璞玉計劃暫訂於高鐵新竹站旁。客家學院六家校區已於2009年落成啟用，璞玉計劃則因遭當地居民嚴重抗議，延宕許久，目前仍在協商階段。
