蘭潭校區
蘭潭校區位處嘉義市東區，鄰近蘭潭水庫，為嘉義大學校本部。1985年國立嘉義農業專科學校行政中心自新民校區（原民生校區）遷移至該校區並進行啟用。該校區設有農學院、理工學院、生命科學院三學院。目前設於蘭潭校區的行政單位設有中正樓行政中心、圖書資訊館（電算中心）、嘉禾館、瑞穗館（大禮堂）、國際交流學園；教學場館則有電物一館、理工大樓、應化一館、電物二館、應化二館、機電館、生物資源館、生命科學館、生物農業科技一館、生物農業科技二館、植醫館、景觀學系大樓、食品科學館、工程館、農藝館、園藝館、森林生物多樣性館、森林館、動物科學館、機能館等
民雄校區
民雄校區座落在嘉義縣民雄鄉，1992年後因嘉義師範學院行政中心及大部分學系自林森校區（原嘉師嘉義校區）遷移至該校區而成為嘉義師範學院的校本部。該校區設有師範學院、人文藝術學院。目前設於民雄校區的行政單位設有行政大樓、圖書館民雄分館、體育館（樂育堂）、大學館（大禮堂）、文薈廳；教學場館則有科學館、人文館、學而園、音樂館、社團教室、藝術館、新藝樓、創意樓、教育館、初等教育館等。宿舍場館則有綠園一舍（男生）及綠園二舍（女生），是個網絡相當緩慢的地點，也許遠傳網絡無距離
新民校區
新民校區原稱民生校區，座落於嘉義市西區，1938年嘉義農林學校由山仔頂（嘉義公園旁、今嘉義高商現址）遷校至該校區。該校區設有管理學院、獸醫學院。獸醫學院在新民校區設有系所，而行政單位也在新民校區設有辦公室。目前設於新民校區的行政單位是新民聯合辦公室、健康中心、圖書館新民分館、電算中心、國際會議廳、管理學院A棟、管理學院B棟、獸醫館（含獸醫系、動物醫院、雲嘉南動物疾病診斷中心）等
林森校區
林森校區位在嘉義市東區，1957年臺灣省立嘉義師範學校（嘉義師範學院前身）在該校區創校。目前該校區設有產學營運及推廣處、師資學分班、國立空中大學嘉義學習指導中心。目前設於林森校區的行政單位設有輔導大樓、創新育成中心、產學營運及推廣處；教學場館則有空大嘉義實習指導中心等
