科技大學時期（民國91年~至今）
91年本校符合教育部科技大學之審核條件，經實地訪視後獲教育部核定改名「輔英科技大學」。改名科大後，學校發展的腳步轉趨穩健踏實，期以創造特色，強化競爭力。 91學年度增設護理系碩士班、環境工程衛生系碩士班、休閒保健管理系及應用外語系。92學年度增設生物技術系碩士班及醫務管理系；休閒保健管理系更名為「健康休閒管理系」。93學年度環境工程衛生系更名為「環境工程與科學系」、工業安全衛生系更名為「職業安全衛生系」。 96學年度進行院系組織調整，分為：「醫學與健康」、「護理」、「環境與生命」及「人文與管理」4個學院。為第一所除了護理類科之外，發展相關醫學、理工與人文的私立科技大學。 配合校務發展計劃及學術專業發展特性，96學年度增設長期照顧學位學程及老人照顧學位學程。97學年度應用化學系更名為「應用化學及材料科學系」。同年並增設健康美容學位學程、資訊科技學位學程及招收首屆環境與生命學院學士班。98學年度為落實人文關懷精神，設立「共同教育中心」及增設「文教事業管理學位學程」，並於99學年度增設保健營養系碩士班。102學年度醫事技術科更名為「醫學檢驗生物技術科」、健康美容學位學程更名為「健康美容系」、健康事業管理學位學程」更名為「健康事業管理系」。104學年度老人長期照顧學位學程更名為「高齡及長期照護事業系」。 順應少子女化浪潮及大環境變化，依據本校校務發展規劃，持續調整系所發展及強化行政單位功能。105學年度進行一級行政單位轉型發展，主要為國際暨兩岸交流中心更名為「國際暨兩岸事務處」並提升至一級單位、研究發展處更名為「研究暨產學發展處」、圖書館更名為「圖書暨資訊處」、公共事務室更名為「公共事務暨校友服務室」、體育室更名為「體育暨健康促進中心」、校務研究室更名為「校務研究暨規劃室」、成立「推廣教育中心」、另設校級之「老化及疾病預防研究中心」投入創新校院合作經營模式。更積極地提供本校師生教學、研究、輔導、產合等事宜之各項行政服務。 106學年度進行學術單位整併轉型發展，助產系更名「助產與婦嬰健康照護系」、資訊管理系與資訊科技學位學程整併為「資訊科技與管理系」、幼兒保育系與文教事業管理學位學程整併為「幼兒保育暨產業系」、增設「學士後牙科助理學位學程」、健康美容系增設「二技進修部」學制。 本校現設有碩士班、四技、二技及五專四個學制，現有護理系(含碩士班)、助產與婦嬰健康照護系、健康事業管理系(含碩士班)、高齡及長期照護事業系、物理治療系、醫學檢驗生物技術系(含碩士班)、保健營養系(含碩士班)、健康美容系、環境工程與科學系(含碩士班)、應用化學及材料科學系、職業安全衛生系、生物科技系(含碩士班)、資訊科技與管理系、休閒與遊憩事業管理系、幼兒保育暨產業系及應用外語系等16個系所。 附設單位包括附設醫院（位於屏東縣東港鎮）及附設高雄市幼兒園（位於本校校區內）及屏東縣仙吉非營利幼兒園〈委託財團法人輔英科技大學設立之輔英科技大學辦理〉，提供本校教職員工與社區民眾優良的醫療及幼教服務。 107年依中程校務發展計劃，擇定六項主軸計劃，作為現階段校務工作重點持續推動執行。中長程校務發展目標為以「創新教學」、「產業實務」、「全人教育」、「優化研發」、「國際發展」、「資源永續」六大面向的積極作為下，達成中長程發展成為健康實務科技大學之願景。 改名科大後，在校務治理、校園重大建設、組織變革、教學品質各面向持續精進，創立多項教學特色及優異績效：
◎98年榮獲南區醫護類唯一教育部98-99年度教學卓越計劃。
◎ 99年12月接受教育部科技大學校務評鑑，榮獲佳績。
◎ 104年11月接受教育部科技大學綜合評鑑，本校校務類及專業類(碩士班及學士班)全數通過 (健美系有條件通過，追蹤評鑑通過)。本校現有之專業類所系科，皆已獲教育部評鑑為「通過」或IEET認證。
◎105年11月接受「105年度教育部大專校院統合視導實地訪視」，九項訪視項目全數通過，更為本校投身教育之肯定。
◎2017年台灣公私立大學排行學術成就進步最快10所大學之一。(遠見雜誌)
◎本校注重資訊科技發展，曾榮獲世界網絡大學之醫護類科技大學第1名。
◎近二年新生註冊率維持90%以上，碩士班更高達100%，並榮獲教育部之高等教育深耕計劃、優化技職校院實作環境計劃、產業學院計劃、勞動部就業學程計劃等，爭取補助金額達1億元以上。
◎本校重視學生國際視野培養，每年選派優秀學生至日本、美國、新加坡、馬來西亞及泰國等國家進行海外實習，積極參加交換學生計劃、世界青年會議等國際交流活動，且連續6年榮獲亞洲交換學生計劃白金獎。
◎本校強調專業證照師資，並提高學生考照率，醫護國考證照通過率均超越全國考照率，護理師通過率達8成以上，更於106年度護理師高考榮獲全國榜首及第三名，107年度醫檢師國考榮獲全國第二名。
