校史
香港中文大學是香港歷史源流上最久遠的高等學院，其於創校時所合併的三所書院中的崇基學院和聯合書院，前身為1845年起、清末至民國初年在中國大陸地區享有極高聲譽的教會及私立書院、大學在香港的延續。中大三所創校書院的成立實緣於大陸地區易幟、大量民國優秀學者逃離大陸。由是，中大雲集了當時幾乎全部留港的民國最頂級的大儒、學者。
香港中文大學於1966年開辦香港首間研究院，是香港第一所研究型大學，也是香港唯一採用書院聯邦制辦學的大學，現共有9所成員書院及8所學術學院。中大的創立打破了英國殖民地只允許一所高等學府存在的慣例，並成功掀起香港1970年代的「中文運動」，具歷史及時代意義。
雖然最初的大學條例將中文列作指定教學語言，但校方目前提供的大部分科目均以英語教授，只有某些部門同時提供標準漢語及粵語課程。
獨立書院時期
崇基學院
於1949年以前，中華民國政府時期大陸有十三家基督教高等教育大學學府。這些大學都是中華民國時期極為著名的高校，包括「東方哈佛」之譽的上海聖約翰大學（校友包括多位中國元首、總理如中華民國北洋政府大總統顧維鈞、中華民國總統嚴家淦、中華民國行政院長宋子文以及中華人民共和國副主席榮毅仁），民國教會大學之首燕京大學，民國最著名的女子大學金陵女子大學，法律執民國牛耳的金庸母校東吳大學，南方第一名校的廣州嶺南大學（其醫學院博濟醫學堂（Pok Tsai Medical School）成立於1866年，為中國第一所西醫學院；校友包括於1886年秋入該校學醫的中華民國臨時大總統孫中山），產生諸多優秀校友（例如國學大師南懷瑾）、諾貝爾文學獎得主賽珍珠執教的金陵大學。其中最早的成員之江大學成立於1845年。
該十三家基督教高等教育大學設有聯合董事會。大陸易幟後，十三所大學聯合董事會原想堅持留在共產政權下的中國內地，繼續基督教高等教育的角色，有所見證。惟很快看到大陸的政治形勢非常不樂觀，聯合董事會和香港教會領袖於是決定在香港合併十三家基督教高等教育大學為一所基督教大學。
最終於1951年聯合董事會在上海聖約翰大學校董會主席歐偉國、廣州嶺南大學校長李應林和香港教會團體帶領下合並了民國政府時期大陸十三家基督教大學為香港崇基學院。崇基的教堂聖壇兩旁至今仍保留中華民國政府時期（1951年前）十三間基督教大學的原木刻校徽崇基學院校牧室自2003年開始舉辦中國基督教教會大學尋根之旅；並於2018年首次納入為書院通識教育課程。
崇基學院於馬料水的校址，也是現今中大沙田校園的最初基礎。
崇基學院神學院
崇基學院神學院為香港歷史源流最久遠的神學院，歷史源流可追溯至1864年，長老會在廣州花地設立之神學訓練學校，該校於1914年即與聖公會及循道公會之神學訓練學校合併為廣州協和神學院，於戰時曾先後與華中大學及嶺南大學合作。戰後聖公會、衛理公會與道風山基督教叢林共同創立香港協和神學院，而中華基督教會與循道公會則加入新加坡之三一神學院。
新亞書院
新亞書院早期在中華民國總統蔣中正從總統府辦公費中特殊撥款及美國耶魯大學雅禮協會（英語：Yale-China Association）機構的資助下營運，前身為亞洲文商學院，由國學大師，後獲選為中華民國中央研究院院士的錢穆、當代新儒家代表人物國立中央大學哲學系系主任唐君毅、中華民國國民政府教育部農業教育委員會專任委員張丕介、中華民國立法院第一屆立法委員崔書琴等人於1949年成立。後於1950年3月改組並易名為新亞書院，錢穆擔任書院院長。
書院初創時期經費不足，院長曾親赴臺灣求助時任中華民國總統蔣中正。蔣總統於1950年命中國國民黨中央改造委員會委員雷震赴港調研，雷後報告「港澳有大學數所，在教育立場上是反共的，在經費方面是堅苦撐持，如錢穆等來港創辦之新亞學院」。中改會於同年12月11日舉行會議，決議「支持錢穆在港創辦之新亞學院，請由教育部予以協助」。而後，蔣總統允諾從總統府辦公費項下每月撥款港幣三千元支持新亞書院辦學，資助至1954年新亞書院獲美國雅禮協會撥款後停止。。資助書院的除美國雅禮協會外，還有美國亞洲協會、美國哈佛燕京學社、洛克斐勒基金會、英國文化協會及香港孟氏教育基金會等。[38][39]
新亞書院獲多名當代大儒雲集教學，每人都足以成為一代宗師，包括中華民國國軍少將、臺灣東海大學教授徐復觀；中華民國憲法之父張君勱；中華民國政府教育部學術審議委員、臺灣學術泰斗牟宗三（傳承弟子，臺灣東海大學首屆榮譽教授蔡仁厚也為新儒家重要人物）；中華民國政府教育部次長杜威的門生吳俊升；中華民國中央銀行人事處副處長、著名詩人和書法家曾克端；歷史學家、中華民國政府行政院農林部部長、中華民國總統府國策顧問左舜生；甲骨文專家、中華民國中央研究院歷史語言研究所前所長董作賓；國學家饒宗頤；小說作家白先勇等人的啟蒙老師國立臺灣大學外文系教授夏濟安；中華民國廣東省政府委員、諾貝爾文學獎委員會的推薦人羅香林；中華民國時期中央銀行、中國銀行、交通銀行、農民銀行四家銀行的聯合總管理處處長楊汝梅；港督顧問趙冰大律師；香港大學中文系系主任兼文學院院長林仰山（Frederick Seguier Drake）教授；佛學大家羅時憲。其他新亞書院的教授還包括霍韜晦、李天命
其中唐君毅、牟宗三和勞思光被喻為「香港人文三老」，俱為香港中文大學教授。
新亞書院為當代新儒家的重鎮。新儒學八大家中多數是新亞書院教授或香港中文大學的教授（如哲學系的劉述先教授）。書院以中文教學，並教授官立學校所缺乏的中國文化課程，並因而獲視為中國儒學的復興基地，以及宋代書院文化的延續。
錢、唐、張諸位先生以復興中國文化為己任，一生反共，奉中華民國為正朔。1949年，把新亞書院的校慶定於10月10日中華民國國慶之日，並在新亞書院高掛中華民國國旗，即青天白日滿地紅旗，香港政府教育司署於1960年禁止新亞書院於中華民國國慶兼校慶期間高掛中華民國國旗，是為著名的「國旗事件」。錢穆為了此事，特地提早一個月回校斡旋。新亞書院另一創辦人唐君毅於事件過後兩個月發言表示「我力主對懸旗事不能讓步（9月29日）；下午校務會議，議決國旗事暫忍痛遵港府命令停掛，另組小組會計劃來年不受港府津貼辦法（10月8日）；明日為國慶日，對新亞而言則為校恥日也（10月9日）」。翌年，新亞書院便將校慶由10月10日改成9月28日孔子誕辰日。
雖然校慶更改，但新亞仍堅持於中華民國國慶日升旗，早在新亞獲香港政府承認資格的初期，時任教育司高詩雅已不斷向新亞施壓，要求取消每年雙十升旗。及至中大成立後，壓力俱增，錢穆被迫妥協。錢穆於此事後逐漸淡出，離港赴臺，但安排了臺灣背景的吳俊升博士赴港任接班人，因吳俊升曾任中華民國行政院教育部次長和親中華民國背景，香港教育司對此極為反對。新亞在面對日益加強的壓力，升旗禮終於1969年10月10日由張丕介主持最後一次後停止。
