哈佛大學最初在1636年由麻省殖民地立法機關立案成立，成為全美第一所高等教育機構，當時稱之為「新學院」或「新市民學院」。後來在1639年3月13日改名為「哈佛學院」，這是為了感謝及紀念時為英國劍橋大學
校友及牧師
的約翰·哈佛，對有關學院的慷慨捐助（這同時也是麻省劍橋市的命名由來），這些捐贈品包括了四百多本書籍及779英鎊，這些差不多是他一半的家產。1650年哈佛學院成立了其法人機構，在早期也培養了很多相關人才。哈佛學院當時主要模仿英國大學的模式辦學，很多學院裏面的領導人均遠赴劍橋大學學習，但當地清教徒
的哲學思想卻獲得了保留。雖說哈佛學院沒有和任何宗教組織聯繫，但不少早期的畢業生均赴紐英倫
當神職人員
，以至於當時所有的宣傳小冊子均將哈佛學院的成立，描述為「對持續進修學習的需求，及對教會將充滿文盲職員的擔憂的回應」。學院的領導者一直都是神職人員，直到1708年第一個非清教成員的校長上任，哈佛才從清教思想的管制中獨立出來。
19世紀
1805年，哈佛由一位論派者接手管治，這也使美國的教育機構開始世俗化，而哈佛在1850年代開始被指是「一位論派的梵蒂岡」。他們與聯邦黨結盟，並開辦了很多機構，以擴大其政治及文化勢力。與此同時，一些神學的保守派人士則利用大眾傳媒，抨擊對方企圖凝造寡頭政治文化及破壞共和國的政治原則。
1846年瑞士科學家路易斯到訪哈佛及紐約市，受到當地學生們的讚賞。他提倡「智能存在」，並認為物體的架構及轉變均建基於其原型，這與哈佛當時的兩名參與課程編制的老師—托馬斯·里德及杜格爾德·斯圖爾特的看法一致，故使其思想得以擴大並得到更多當地人的支持。
查爾斯·艾略特在任校長期間，將課程中固有的基督教文化成分刪去，讓學生能自願及選擇性地去學習相關的宗教文化。他也將哈佛各個書院以及學術機構綜合成了一所研究型大學，改革措施包括小班授課以及入學考試，這些模式也影響了美國國家的高等和基礎教育政策
