校史
殖民地時期
哈佛大學最初在1636年由麻省殖民地立法機關立案成立，成為全美第一所高等教育機構，當時稱之為「新學院」或「新市民學院」。後來在1639年3月13日改名為「哈佛學院」，這是為了感謝及紀念時為英國劍橋大學校友及牧師的約翰·哈佛，對有關學院的慷慨捐助（這同時也是麻省劍橋市的命名由來），這些捐贈品包括了四百多本書籍及779英鎊，這些差不多是他一半的家產。1650年哈佛學院成立了其法人機構，在早期也培養了很多相關人才。 哈佛學院當時主要模仿英國大學的模式辦學，很多學院裏面的領導人均遠赴劍橋大學學習，但當地清教徒的哲學思想卻獲得了保留。雖說哈佛學院沒有和任何宗教組織聯繫，但不少早期的畢業生均赴紐英倫當神職人員， 學院的領導者一直都是神職人員，直到1708年第一個非清教成員的校長上任，哈佛才從清教思想的管制中獨立出來。
19世紀
1805年，哈佛由一位論派者接手管治，這也使美國的教育機構開始世俗化，而哈佛在1850年代開始被指是「一位論派的梵蒂岡」。他們與聯邦黨結盟，並開辦了很多機構，以擴大其政治及文化勢力。與此同時，一些神學的保守派人士則利用大眾傳媒，抨擊對方企圖凝造寡頭政治文化及破壞共和國的政治原則。
1846年瑞士科學家路易斯到訪哈佛及紐約市，受到當地學生們的讚賞。他提倡「智能存在」，並認為物體的架構及轉變均建基於其原型，這與哈佛當時的兩名參與課程編制的老師—托馬斯·里德及杜格爾德·斯圖爾特的看法一致，故使其思想得以擴大並得到更多當地人的支持。
查爾斯·艾略特在任校長期間，將課程中固有的基督教文化成分刪去，讓學生能自願及選擇性地去學習相關的宗教文化。他也將哈佛各個書院以及學術機構綜合成了一所研究型大學，改革措施包括小班授課以及入學考試，這些模式也影響了美國國家的高等和基礎教育政策。
20世紀
20世紀的哈佛的地位及聲譽，隨着獲得的捐助金及教授的人數上升而迅速提升，申請入學的學生人數也因課程數目的增大及校園的擴建而上升，其在1900年成為了美國大學協會其中一個原始成員。於1879年成立的拉德克利夫學院與哈佛結盟為姊妹學校，亦成為了美國當時最著名的女子學校；後來兩者合併，拉德克利夫成為了哈佛大學的一部分。
1933年上任的校長詹姆斯·布萊恩特·科南特重新建立了創意獎學金制度，以鼓勵及吸納人才，確保學校在研究機構中的領導地位。他認為高等教育是給真正有才華的人而不是富家子弟。他進行了課程制度的調節，全力支持有才華的年輕人。他更在1943年要求教職員對「什麼才是中等及高等教育的目的」提出明確的看法，1945年列出的報告是20世紀美國最具影響力的教育宣言。
1945—1960年，哈佛改變了收生政策，開始接受來自不同背景的學生，而不只是一些來自貴族學校的子弟。學生的種類也開始多元化，校園裏多了猶太人及天主教徒，惟黑人及亞洲人仍只佔極少數
女性在哈佛的地位也於20世紀末不斷上升。初期，女性學生仍集中在拉德克利夫學院。雖然多了女學生情願報讀哈佛本身的課程，但哈佛的學生仍以男性居多，五個學生裏平均只有一個為女性。可是，隨着與拉德克利夫學院在1977年合併，哈佛的女學生人數每年不斷上升。這也反映了美國高等教育的趨勢。
1999年，拉德克利夫學院正式成為哈佛大學的拉德克利夫高等研究學院。時任院長的德魯·吉爾平·福斯特也後在2007年正式成為哈佛創校300多年以來第一位女性校長，亦是繼賓夕凡尼亞大學、布朗大學與普林斯頓大學後，常春籐盟校的第四位女性校長
