當時的鴨巴甸主教威廉·艾爾芬斯通受蘇格蘭國王詹姆士四世差遣，到羅馬求見教宗歷山六世，希望教宗御許於鴨巴甸老城區（Old Aberdeen）成立一所大學，稱國王學院（King's College）。教宗在1495年2月6日與艾爾芬斯會面，在細細詢問過為何要於鴨巴甸成立大學、以及財政方面如何維持之後，覆以教宗詔書，鴨巴甸大學正式成立。大學在剛成立的時候一共只有36名教師和學生。
1497年，大學設立了世界上第一個講英語的醫學教學職位，同時成立了英語系國家第一所醫學院。大學主要為蘇格蘭北部培養醫生、教師和牧師，並為當時的蘇格蘭政府培養律師和管理人才。
1593年，第五代馬修伯爵喬治·基斯在南面鴨巴甸的新城區中心地區創立了鴨巴甸第二所的大學馬修學院（Marischal College）。
1860年，兩所學院根據英國議會通過的「1858年蘇格蘭大學法案」（Universities (Scotland) Act 1858）合併
